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苹果短信中已读消息仍然显示未读数字提示可能有以下几种原因。
1、短信可能是在通知中心被读取，而非直接在短信应用中被打开，这种情况下，即使短信内容已经被读过，但由于没有在短信应用中打开查看，系统仍然会将其视为未读消息，此时只需进入短信应用查看后，通知便会消失。
2、短信应用可能存在缓存或错误，尝试关闭通知再重新打开，或者重启设备可能会有所帮助，如果问题仍然存在，可能需要尝试卸载并重新安装短信应用。
3、手机系统可能存在bug，对于这种情况，可以尝试更新操作系统版本或者进行恢复出厂设置。
4、可能是其他原因导致的信息错误提示，例如某些第三方应用干扰了短信应用的功能等。
如果以上方法都无法解决问题，建议寻求苹果官方客服的帮助，获取更专业的解决方案。